Оплата работы в выходной день - правомерность оплаты только фактически отработанных часов

Нет, не правомерно.

Трудовой кодекс РФ устанавливает обязанность работодателя компенсировать работу в выходной и нерабочий праздничный день: оплатить отработанное время не менее чем в двойном размере или предоставить другой день отдыха (ст. 153 ТК РФ).

Обращайтесь с жалобой в трудовую инспекцию.

В соответствии со ст.153 ТК РФ

Работа в выходной или нерабочий праздничный день оплачивается не менее чем в двойном размере:

сдельщикам - не менее чем по двойным сдельным расценкам;

работникам, труд которых оплачивается по дневным и часовым тарифным ставкам, - в размере не менее двойной дневной или часовой тарифной ставки;

работникам, получающим оклад (должностной оклад), - в размере не менее одинарной дневной или часовой ставки (части оклада (должностного оклада) за день или час работы) сверх оклада (должностного оклада), если работа в выходной или нерабочий праздничный день производилась в пределах месячной нормы рабочего времени, и в размере не менее двойной дневной или часовой ставки (части оклада (должностного оклада) за день или час работы) сверх оклада (должностного оклада), если работа производилась сверх месячной нормы рабочего времени.

Конкретные размеры оплаты за работу в выходной или нерабочий праздничный день могут устанавливаться коллективным договором, локальным нормативным актом, принимаемым с учетом мнения представительного органа работников, трудовым договором.

По желанию работника, работавшего в выходной или нерабочий праздничный день, ему может быть предоставлен другой день отдыха. В этом случае работа в выходной или нерабочий праздничный день оплачивается в одинарном размере, а день отдыха оплате не подлежит.