Как получить материальную помощь при увольнении и отсутствии согласия командира?

Антон,неизвестно по какому основанию вы увольняетесь,но в любом случае без командира тут не обойтись(если только он не будет в отпуске и т.д.) Почитайте:

В соответствии с п. 2 "Правил выплаты военнослужащим, проходящим военную службу по контракту, ежегодной материальной помощи" утвержденных Постановлением Правительства Российской Федерации от 5 декабря 2011 г. № 993 "О выплате военнослужащим премии за добросовестное и эффективное исполнение должностных обязанностей и ежегодной материальной помощи", порядок обращения за материальной помощью, а также ее размер устанавливаются Министром обороны РФ.

Согласно п.п. 84, 89 "Порядка обеспечения денежным довольствием военнослужащих Вооруженных Сил РФ", утвержденного Приказом Министра обороны РФ от 30 декабря 2011 г. № 2700 "Об утверждении порядка обеспечения денежным довольствием военнослужащих ВС РФ" (с изм. от 06.07.2012), военнослужащим, проходящим военную службу по контракту (далее в настоящем разделе - военнослужащие), по их рапорту выплачивается ежегодная материальная помощь (далее в настоящем разделе - материальная помощь) в размере одного месячного оклада денежного содержания военнослужащего.

Материальная помощь не выплачивается военнослужащим:

в период нахождения в распоряжении командиров (начальников);

увольняемым с военной службы по основаниям, указанным в п.п. 1 - 5, 7 - 11 ч. 4 ст. 3 Федерального закона от 7 ноября 2011 г. № 306-ФЗ "О денежном довольствии военнослужащих и предоставлении им отдельных выплат" (далее - Закон). В случае если указанным военнослужащим материальная помощь была выплачена ранее, при их увольнении с военной службы выплаченная сумма удержанию не подлежит;

увольняемым с военной службы в конце текущего года с предоставлением им при увольнении отпуска, оканчивающегося в следующем году, - за год, в котором оканчивается отпуск.

Руководствуясь п.п. 1 - 5, 7 - 11 ч. 4 ст. 3 Закона, единовременное пособие, указанное в части 3 настоящей статьи, не выплачивается военнослужащему, проходящему военную службу по контракту, при увольнении его с военной службы:

в связи с лишением военнослужащего воинского звания;

в связи с вступлением в законную силу приговора суда о назначении военнослужащему наказания в виде лишения свободы;

в связи с вступлением в законную силу приговора суда о назначении военнослужащему наказания в виде лишения свободы условно за преступление, совершенное умышленно;

в связи с отчислением из военной профессиональной образовательной организации и военной образовательной организации высшего образования за недисциплинированность, неуспеваемость или нежелание учиться;

в связи с вступлением в законную силу приговора суда о лишении военнослужащего права занимать воинские должности в течение определенного срока;

в связи с невыполнением условий контракта;

в связи с отказом в допуске к государственной тайне или лишением указанного допуска;

в связи с вступлением в законную силу приговора суда о назначении военнослужащему наказания в виде лишения свободы условно за преступление, совершенное по неосторожности;

как не выдержавшего испытание;

в связи с несоблюдением ограничений, нарушением запретов, неисполнением обязанностей, связанных с прохождением военной службы, предусмотренных п. 7 ст. 10 и ст. 27.1 Федерального закона от 27 мая 1998 г. № 76-ФЗ "О статусе военнослужащих".Удачи!