Может ли бывшая жена прописать своих детей от гражданского мужа прописать их в муниципальную квартиру.

Да, имеет право согласно ст.20,ГК 69.70 ЖК РФ от любых мужей свои несовершеннолетних детей.. если она сама прописана-зарегистрирована в квартире.

Согласно статье 20 Гражданского кодекса РФ местом жительства несовершеннолетних, не достигших возраста 14 лет, признается место жительства их родителей. На основании регистрация возможна.

Если ее гражданский муж является отцом ее детей, то отец вправе зарегистрировать своих несовершеннолетних детей по своему месту регистрации без согласия других зарегистрированных лиц.

Постановление Правительства РФ от 17.07.1995 N 713 (ред. от 05.03.2015) "Об утверждении Правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации и перечня лиц, ответственных за прием и передачу в органы регистрационного учета документов для регистрации и снятия с регистрационного учета граждан Российской Федерации по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации"

28. Регистрация по месту жительства несовершеннолетних граждан, не достигших 14-летнего возраста и проживающих вместе с родителями (усыновителями, опекунами), осуществляется на основании документов, удостоверяющих личность родителей (усыновителей), или документов, подтверждающих установление опеки, и свидетельства о рождении этих несовершеннолетних путем внесения сведений о них в домовые (поквартирные) "книги" или алфавитные карточки родителей (усыновителей, опекунов). Указанная регистрация осуществляется с выдачей "свидетельства" о регистрации по месту жительства.

В данном случае непонятно кто является ответственным квартиросъёмщиком, кто и где проживает, то есть ответить на ваш вопрос в полном объёме не представляется возможным, однако можно привести следующую статью.

Жилищный кодекс РФ.

Статья 67. Права и обязанности нанимателя жилого помещения по договору социального найма

1. Наниматель жилого помещения по договору социального найма имеет право в установленном порядке:

1) вселять в занимаемое жилое помещение иных лиц;

2) сдавать жилое помещение в поднаем;

3) разрешать проживание в жилом помещении временных жильцов;

4) осуществлять обмен или замену занимаемого жилого помещения;

5) требовать от наймодателя своевременного проведения капитального ремонта жилого помещения, надлежащего участия в содержании общего имущества в многоквартирном доме, а также предоставления коммунальных услуг.

2. Наниматель жилого помещения по договору социального найма помимо указанных в части 1 настоящей статьи прав может иметь иные права, предусмотренные настоящим Кодексом, другими федеральными законами и договором социального найма.

3. Наниматель жилого помещения по договору социального найма обязан:

1) использовать жилое помещение по назначению и в пределах, которые установлены настоящим Кодексом;

2) обеспечивать сохранность жилого помещения;

3) поддерживать надлежащее состояние жилого помещения;

4) проводить текущий ремонт жилого помещения;

5) своевременно вносить плату за жилое помещение и коммунальные услуги;

6) информировать наймодателя в установленные договором сроки об изменении оснований и условий, дающих право пользования жилым помещением по договору социального найма.

4. Наниматель жилого помещения по договору социального найма помимо указанных в части 3 настоящей статьи обязанностей несет иные обязанности, предусмотренные настоящим Кодексом, другими федеральными законами и договором социального найма.

Статья 69. Права и обязанности членов семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма

1. К членам семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма относятся проживающие совместно с ним его супруг, а также дети и родители данного нанимателя. Другие родственники, нетрудоспособные иждивенцы признаются членами семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма, если они вселены нанимателем в качестве членов его семьи и ведут с ним общее хозяйство. В исключительных случаях иные лица могут быть признаны членами семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма в судебном порядке.

2. Члены семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма имеют равные с нанимателем права и обязанности. Дееспособные и ограниченные судом в дееспособности члены семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма несут солидарную с нанимателем ответственность по обязательствам, вытекающим из договора социального найма.

(в ред. Федерального закона от 24.04.2008 N 49-ФЗ)

3. Члены семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма должны быть указаны в договоре социального найма жилого помещения.

4. Если гражданин перестал быть членом семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма, но продолжает проживать в занимаемом жилом помещении, за ним сохраняются такие же права, какие имеют наниматель и члены его семьи. Указанный гражданин самостоятельно отвечает по своим обязательствам, вытекающим из соответствующего договора социального найма.