Неужели наличие второго жилья может быть причиной моего выселения из муниципальной квартиры?

Безусловно нет! Вам необходимо подать письменные возражения на исковое заявление, указав все перечисленные Вами основания, а именно: Вы несете бремя по содержанию данного имущества, в квартире находятся ваши вещи, что говорит о том, что Вы не выселялись из нее, а Ваше отсутствие в данном жилом помещении, является временным, что не является основанием для выселения (ст. 71 ЖК РФ), и не влечет изменения Ваших прав и обязанностей. А права и обязанности у Вас такие же как и у нанимателя данного жилого помещения, согласно тому же Жилищному кодексу РФ.

В процессе следует избегать таких фраз, как "выехал", "съехал", "выселился", и на все доводы пояснять "временно отсутствую", например в связи с трудовой деятельностью, но фактическое проживание у Вас в спорном жилом помещении.

Также, Вам необходимо заявить ходатайство о допросе с вудебном заседании лиц, которые подтвердят Ваше проживание в данной квартире, ну и конечно Ваше гостеприимство. Не помешали бы соседи, которые Вас часто видят. Явку данных свидетелей желательно обнспечить Вам самостоятельно (повестку они смогут получить сразу после судебного заседания), тогда суд обязательно их допросит сразу по прибытии, т.е. в удовлетворении данного ходатайства Вам не откажут.

И конечно, дать суду на обозрение Вашу почту, точнее ее наличие у Вас (учитывая адрес и прочее (если письма заказные - вообще прекрано)).

Постараться Вам придется, но если Вы не сообщите суду все вышеперечисленные обстоятельства (то есть не заяаите о своих правах) - то все возможно.

В целом, это не сложно, а Ваши дела отнюдь не плохи. Удачи.