Регламентируется ли структура органов государственной власти субъектов в настоящее время федеральным законодательством?

После вступления в силу Федерального закона Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов РФ прокурор Санкт-Петербурга обратился в Администрацию города с требованием создать высший исполнительный орган власти, так как ситуация, когда все отраслевые органы исполнительной власти являются структурными подразделениями Администрации, противоречит указанному Федеральному закону. Администрация Санкт-Петербурга посчитала требование прокурора необоснованным, поскольку (1) во время принятия Закона Санкт-Петербурга О системе органов государственной власти Санкт-Петербурга подобные требования в законодательстве отсутствовали, (2) Конституция РФ относит вопрос о системе органов государственной власти субъектов к их собственной компетенции, а указанный Федеральный закон противоречит конституционным принципам федерализма, (3) в 1996 году между Санкт-Петербургом и Российской Федерацией был заключен договор о разграничении предметов ведения и полномочий, где указанный вопрос не был урегулирован. Регламентируется ли структура органов государственной власти субъектов в настоящее время федеральным законодательством? Какова судьба договорного способа регулирования распределения предметов ведения между федерацией и субъектами? Какое федеральное законодательство ограничивает применение этого способа? Оцените доводы Администрации Санкт-Петербурга.