Как не нарушить закон при получении субсидии на жилье, будучи собственниками двух квартир владения супругов?

Если смотреть по букве закона, то Вы имееете право только на одну субсидию. Противоречия здесь нет, т.к. п. 3 Постановления Правительства дает только общие положения, а п. 33 уточняет положение п. 3 для таких частных случаев, как Ваш, то есть раздельное проживание супругов.

Что касается обвинения Вас в мошенничестве. Вас не смогут обвинить в мошенничестве, если не докажут умысел. То есть, чтоб привлечь к ответственности следственные органы должны будут доказать, что Вы сообщили в отдел субсидий не просто ложную, а заведомо ложную информацию, т.е что Вы заранее знали, что говорите им ложную информацию либо умышленно скрывали от них факт, что жена тоже подает на субсидию. Чаще всего на умысел выводят личные признания при допросе, а ткже показания чиновников. Например, Вы где-то расписались, что у Вас нет жены,а на самом деле есть. Нередко следователи сами подтасовывают факты и вынуждают давать ложные показания. Чтобы как-то блокировать подобные действия следователей лучше всего иметь своего, желательно хорошо знакомого Вам, адвоката. Услугами бесплатного адвоката, которого предоставляют правоохранительные органы лучше не пользоваться. Бесплатный сыр бывает только в мышеловке.