Может ли депозитарий сам произвести оценку акций для принятия нотариусом при оформлении наследства?

Нет.

НК РФ.

"Статья 333.25. Особенности уплаты государственной пошлины при обращении за совершением нотариальных действий

1. За совершение нотариальных действий государственная пошлина уплачивается с учетом следующих особенностей:

5) при исчислении размера государственной пошлины за удостоверение договоров, подлежащих оценке, принимается сумма договора, указанная сторонами, но не ниже суммы, определенной в соответствии с подпунктами 7 - 10 настоящего пункта. При исчислении размера государственной пошлины за выдачу свидетельств о праве на наследство принимается стоимость наследуемого имущества, определенная в соответствии с подпунктами 7 - 10 настоящего пункта. При исчислении размера государственной пошлины за удостоверение сделок, направленных на отчуждение доли или части доли в уставном капитале общества с ограниченной ответственностью, а также сделок, устанавливающих обязательство по отчуждению доли или части доли в уставном капитале общества с ограниченной ответственностью, принимается сумма договора, указанная сторонами, но не ниже номинальной стоимости доли или части доли. При исчислении размера государственной пошлины за удостоверение договоров купли-продажи и залога доли или части доли в уставном капитале общества с ограниченной ответственностью принимается оценка доли или части доли как предмета залога, указанная сторонами договора залога, но не ниже номинальной стоимости доли, части доли соответственно.

По выбору плательщика для исчисления государственной пошлины может быть представлен документ с указанием инвентаризационной, рыночной, кадастровой либо иной (номинальной) стоимости имущества, выданный лицами, указанными в подпунктах 7 - 10 настоящего пункта. Нотариусы и должностные лица, совершающие нотариальные действия, не вправе определять вид стоимости имущества (способ оценки) в целях исчисления государственной пошлины и требовать от плательщика представления документа, подтверждающего данный вид стоимости имущества (способ оценки).

В случае представления нескольких документов, выданных лицами, указанными в подпунктах 7 - 10 настоящего пункта, с указанием различной стоимости имущества при исчислении размера государственной пошлины принимается наименьшая из указанных стоимостей имущества;

7) стоимость транспортных средств может определяться оценщиками, юридическими лицами, которые вправе заключить договор на проведение оценки согласно законодательству Российской Федерации об оценочной деятельности, или судебно-экспертными учреждениями органа юстиции;

8) стоимость недвижимого имущества, за исключением земельных участков, может определяться оценщиками, юридическими лицами, которые вправе заключить договор на проведение оценки согласно законодательству Российской Федерации об оценочной деятельности, или организациями (органами) по учету объектов недвижимого имущества по месту его нахождения;

9) стоимость земельных участков может определяться оценщиками, юридическими лицами, которые вправе заключить договор на проведение оценки согласно законодательству Российской Федерации об оценочной деятельности, или федеральным органом, осуществляющим кадастровый учет, ведение государственного кадастра недвижимости и государственную регистрацию прав на недвижимое имущество и сделок с ним, и его территориальными подразделениями;

10) стоимость имущества, не предусмотренного подпунктами 7 - 9 настоящего пункта, определяется оценщиками или юридическими лицами, которые вправе заключить договор на проведение оценки согласно законодательству Российской Федерации об оценочной деятельности;"