Вопрос: 1. Можно ли избежать последствий пропуска срока (3 мес.)

На самом деле вопрос заключается в том, что идет спор именно о том, должна ли была быть начислена эта зарплата. Если бы была, то да, пока работаете у одного работодателя, обязанность выплаты сохраняется.

Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 17 марта 2004 г. N 2

"О применении судами Российской Федерации Трудового кодекса Российской Федерации"

(с изменениями от 28 декабря 2006 г.)

"56. При рассмотрении дела по иску работника, трудовые отношения с которым не прекращены, о взыскании начисленной, но невыплаченной заработной платы надлежит учитывать, что заявление работодателя о пропуске работником срока на обращение в суд само по себе не может служить основанием для отказа в удовлетворении требования, поскольку в указанном случае срок на обращение в суд не пропущен, так как нарушение носит длящийся характер и обязанность работодателя по своевременной и в полном объеме выплате работнику заработной платы, а тем более задержанных сумм, сохраняется в течение всего периода действия трудового договора".

Судя же по тексту вопроса, речь может идти только о восстановлении пропущенных сроков при подаче иска на обязанность уплатить повышенную зарплату за сверхурочное время, то есть основное - когда работник узнал о нарушении своего права.