Если я подам заявление на увольнение 31 декабря то праздничные дни войдут в двух недельную отработку?

Да,

ТК РФ, Статья 80. Расторжение трудового договора по инициативе работника (по собственному желанию)

""Работник имеет право расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя в письменной форме не позднее чем за две недели, если иной срок не установлен настоящим "Кодексом" или иным федеральным "законом". Течение указанного срока начинается на следующий день после получения работодателем заявления работника об увольнении.

"Трудовой кодекс Российской Федерации" от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 05.10.2015)

""ТК РФ, Статья 14. Исчисление сроков

Течение сроков, с которыми настоящий Кодекс связывает возникновение трудовых прав и обязанностей, начинается с календарной даты, которой определено начало возникновения указанных прав и обязанностей.

""Течение сроков, с которыми настоящий Кодекс связывает прекращение трудовых прав и обязанностей, начинается на следующий день после календарной даты, которой определено окончание трудовых отношений.

""Сроки, исчисляемые годами, месяцами, неделями, истекают в соответствующее число последнего года, месяца или недели срока. В срок, исчисляемый в календарных неделях или днях, включаются и нерабочие дни.

""Если последний день срока приходится на нерабочий день, то днем окончания срока считается ближайший следующий за ним рабочий день.