Залогодатель хочет признать заключенный договор ничтожным, так как якобы не подавал заявление.

Ничтожной сделку можно признавать только в случаях, указанных в законе. В Вашем случае даже невыполнение залогодателем условия по регистрации (обязанность подать заявление) могло бы повлечь за собой возникновение и реализацию Вашего права требовать вынесения судебного решения о регистрации.

ГК РФ.

"Статья 165. Последствия несоблюдения нотариальной формы сделки и требования о ее регистрации

1. Несоблюдение нотариальной формы, а в случаях, установленных законом, - требования о государственной регистрации сделки влечет ее недействительность. Такая сделка считается ничтожной.

2. Если одна из сторон полностью или частично исполнила сделку, требующую нотариального удостоверения, а другая сторона уклоняется от такого удостоверения сделки, суд вправе по требованию исполнившей сделку стороны признать сделку действительной. В этом случае последующее нотариальное удостоверение сделки не требуется.

3. Если сделка, требующая государственной регистрации, совершена в надлежащей форме, но одна из сторон уклоняется от ее регистрации, суд вправе по требованию другой стороны вынести решение о регистрации сделки. В этом случае сделка регистрируется в соответствии с решением суда.

4. В случаях, предусмотренных пунктами 2 и 3 настоящей статьи, сторона, необоснованно уклоняющаяся от нотариального удостоверения или государственной регистрации сделки, должна возместить другой стороне убытки, вызванные задержкой в совершении или регистрации сделки".

Но на самом деле регистрация была. И максимум, что может сделать залогодатель - заявить иск о признании недействительной государственной регистрации сделки. Интересно будет посмотреть, при вышеизложенных условиях, как он будет доказывать (САМ) свое уклонение от государственной регистрации.