Вычтены отпуска в пенсионном стаже - есть ли законные основания?

Судя по тексту - да. Если бы не писали заявления на отпуск - было бы учтено.

Правила

исчисления периодов работы, дающей право на досрочное назначение трудовой пенсии по старости в соответствии со статьями 27 и 28 Федерального закона "О трудовых пенсиях в Российской Федерации"

(утв. постановлением Правительства РФ от 11 июля 2002 г. N 516)

.

"8. В периоды работы вахтовым методом, дающей право на досрочное назначение трудовой пенсии по старости, включается время выполнения работ на объекте, время междусменного отдыха в вахтовом поселке, время в пути от места нахождения работодателя или от пункта сбора до места выполнения работы и обратно, а также время междувахтового отдыха в данный календарный отрезок времени. При этом общая продолжительность рабочего времени (нормальная или сокращенная) за учетный период (за месяц, квартал или иной более длительный период, но не более чем за один год) не должна превышать нормального числа рабочих часов, установленного Трудовым кодексом Российской Федерации.

Периоды работы вахтовым методом в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях при досрочном назначении трудовой пенсии по старости в соответствии с подпунктами 2 и 6 пункта 1 статьи 28 Федерального закона исчисляются в календарном порядке с включением в них рабочего времени непосредственно на объекте, времени междусменного отдыха в вахтовом поселке, а также периода междувахтового отдыха и времени в пути от места нахождения работодателя или от пункта сбора до места выполнения работы и обратно".