Получил с налоговой письмо, что мною в 2009 году был снят автомобиль с учета, которому не было трёх лет.

Законно. Налоговое законодательство рассматривает просто факты продажи и период нахождения в собственности как основание для начисления НДФЛ. Вы же, как налогоплательщик, обязаны подавать соответствующее заявление, декларацию и документы на налоговый вычет, если хотите им воспользоваться.

Налоговый вычет предоставляется в двух вариантах, по выбору налогоплательщика.

НК РФ.

"Статья 220. Имущественные налоговые вычеты

1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов:

1) в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей, а также в суммах, полученных в налоговом периоде от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих 125 000 рублей.

Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного настоящим подпунктом, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов, за исключением реализации налогоплательщиком принадлежащих ему ценных бумаг.

2. Имущественные налоговые вычеты (за исключением имущественных налоговых вычетов по операциям с ценными бумагами) предоставляются при подаче налогоплательщиком им налоговой декларации в налоговые органы по окончании налогового периода, если иное не предусмотрено настоящей статьей".