Правомерно ли это и как нам поступать далее, если даже военкомат затрудняется дать какое либо объяснение.

Дисциплинарным уставом Вооруженных сил РФ, в ст.55 указаны дисциплинарные наказания которые могут применяться к курсантам, одно из которых отчисление из военного образовательного учреждения профессионального образования.

При назначении дисциплинарного взыскания учитываются характер дисциплинарного проступка, обстоятельства и последствия его совершения, форма вины, личность военнослужащего, совершившего дисциплинарный проступок, обстоятельства, смягчающие и отягчающие дисциплинарную ответственность.

Полагаю, что в вашем случае наказание соответствует тяжести совершенного проступка.

В соответствии со ст.35 ФЗ "О воинской обязанности и военной службе" :

Военнослужащие мужского пола, отчисленные из военных образовательных учреждений профессионального образования, не достигшие возраста 18 лет, увольняются с военной службы и подлежат постановке на воинский учет и призыву на военную службу на общих основаниях. В случае увольнения указанных лиц по основаниям, предусмотренным в настоящем пункте, в срок военной службы по призыву им засчитывается продолжительность военной службы во время обучения в военном образовательном учреждении профессионального образования из расчета два дня военной службы в указанном образовательном учреждении за один день военной службы по призыву.

Так же этим пунктом отчисленные граждане обязаны возместить средства затраченные на обучение.