Один из двух учредителей умер 2 года назад, родственников его не знаю, можно ли как то вывести его из состава учредителей ООО.

Если наследников нет, то это вымороченное имущество, собственником которого является РФ. Или вы находите родственников и решаете вопросы с ними, или сообщаете нотариусу (или терагенству) об этих долях.

При отсутствии наследников по закону, перечисленных в ст. 1142 - 1148 ГК РФ, и наследников по завещанию, а также в случаях, когда никто из наследников не имеет права наследовать или все наследники отстранены от наследования как недостойные (ст. 1117 ГК РФ); никто из наследников не принял наследства либо все наследники отказались от наследства и при этом никто из них не указал, что отказывается в пользу другого наследника (ст. 1158 ГК РФ), доля в уставном капитале общества с ограниченной ответственностью на основании ст. 1151 ГК РФ является выморочным имуществом и переходит в порядке наследования по закону к Российской Федерации.

В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 05.06.2008 N 1053 "О Федеральном агентстве по управлению государственным имуществом" (далее - Постановление) агентство в лице своих территориальных органов по месту открытия наследства принимает выморочное имущество, которое в соответствии с законодательством Российской Федерации переходит в порядке наследования к Российской Федерации (п. 5.35).

Свидетельство о праве на наследство по закону на долю в уставном капитале общества выдается Российской Федерации в лице территориального органа Федерального агентства по управлению государственным имуществом в соответствии с ч. 3 ст. 1162 ГК РФ с соблюдением норм ст. 72 Основ законодательства о нотариате.