И каким законодательным актом регламентирован процесс регистрации прекращения предпринимательской деятельности?

Начисление взносов, пеней, прекратится только после того, как вы зарегистрируете прекращение деятельности. В то же время отказ налоговой в регистрации прекращения деятельности по указанным основаниям, незаконен. Закон (пп. "в" п. 1 ст. 22.3 Закона № 129-ФЗ О гос. регистрации юридических лиц и ИП) предусматривает лишь обязанность представить документ, подтверждающий представление в территориальный орган ПФР сведения, т.е предъявить почтовую квитанцию и опись почтового отправления. Закон не содержит такого основания для отказа, как наличия задолженности по взносам. Письменный отказ налоговиков вы вправе обжаловать в арбитражный суд.