Правомерность отправки военнослужащего в длительную командировку, в то время как супруга также находится в командировке и нет возможности оставить детей на попечение

Действия трудового кодекса РФ в данном случае на военнослужащего не распространяются. Отданный в установленном порядке приказ - вы обязаны выполнить. Вместе с тем, учитывая сложившиеся обстоятельства, единственно верное решение которое вы можете принять - это обратиться с рапортом к командиру с просьбой разъяснить порядок выполнения приказа в сложившейся ситуации, а также указать причины препятствующие его выполнению и возможные последствия выполнения приказа, приложив к рапорту соответствующие доказательства. Далее действовать по обстановке, в зависимости от принятого командиром решения. В любом случае данный рапорт в случае принятия командиром решения о привлечении вас к дисциплинарной ответственности, либо уголовной - будет являться доказательством, что неисполнение приказа было вызвано обстоятельствами непреодолимой силы, а не вашими виновными действиями. Также можете поставить перед командованием вопрос об убытии в командировку вместе с вами ваших детей и выдачи в связи с этим необходимых проездных документов на них (что будет свидетельствовать о готовности выполнить приказ и имеющихся затруднениях в его реализации).

Как вариант, вы также можете обратиться в суд с административным иском об обжаловании приказа на командировку, обязательно попросив суд приостановить действие приказа до разрешения вопроса судом. В этом случае не смотря на существо принятого решения судом, неисполнение приказа будет законным.