Имеют ли право уволить сотрудника, который продолжал работать после возвращения основного работника?

Статьей 79 ТК РФ установлено: Срочный трудовой договор прекращается с истечением срока его действия. О прекращении трудового договора в связи с истечением срока его действия работник должен быть предупрежден в письменной форме не менее чем за три календарных дня до увольнения, за исключением случаев, когда истекает срок действия срочного трудового договора, заключенного на время исполнения обязанностей отсутствующего работника.

Следовательно Ваш трудовой договор прекратил свое действие в день выхода на работу отсутствовавшего работника.

В тоже время, Вы фактически были допущены к работе после выхода на работу замещаемого сотрудника, т.е. с фами, самим фактом допущения к работе, был заключен трудовой договор на неопределенный срок. В соответствии со ст. 67 ТК РФ, при фактическом допущении работника к работе работодатель обязан оформить с ним трудовой договор в письменной форме не позднее трех рабочих дней со дня фактического допущения работника к работе.

Если работодатель намерен Вас уволить, то сделать это он обязан в порядке, предусмотренном для увольнения по сокиащению, т.е. с предупреждением не менее, чем за два месяца, соблюдений гарантий сокращаемым работникам, выплатой всех положенных по закону денежных средств.