Правомерно ли будет вынесено решение о признании меня виновным по статья 165.

Вы не правильно понимаете положение ст. 165 и ст. 201 УК РФ и не правильно трактуете к ним коментарий. Это две самостоятельные статьи. Которые не должны были быть применимы к вам в совокупности за одно и тоже деяние. Органы предварительного следствия должны были квалифицировать Ваши действия либо по ст. 165, либо по ст. 201 УК РФ, в зависимости от ваших должностных полномочий и величины причиненного ущерба. Так как ущерб не был признан значительным, гос.обвинитель правильно отказался от обвинения по ст. 201 УК РФ. При этом правомерно будет вынесен приговор по ст. 165 УК РФ. Но при одном условии, что Вы совершили эти действия умышленно, осозновая неправомерность своих действий, с извлечением какой то выгоды для себя. Если эти действия Вы совершали без какого либо умысла, а в следствие недосмотра, производственного риска или ошибки в решении и при этом был при чинен крупный ущерб, то они могли бы подпасть под ст. 293 УК РФ - халатность. При аналогичных действиях, но при незначительном или существенном ущербе ответственность не наступает вообще. В Вашем случае на стадии предварительного или судебного следствия вам и Вашему защитнику надо было попытаться даказать отсутствие в ваших действия умысла и дело можно было бы прекратить или выйти на оправдательный приговор.