Может ли главный квартиродержатель выселить одного из сыновей из муниципальной квартиры?

На основании решения суда

Если он не будет жить фактически и платить за квартиру, то сможет

Такое право есть, но нужно понимать Вашу ситуацию.

Нужно доказать, что один из братьев нарушает условия договора, не осуществляет коммунальные платежи и в принципе не заинтересован в этом жилье. При правильно выстроеной позиции, ее иск может быть удовлетворен.