У дочери целевое от Вологодской обл., у зятя от Архангельской. Заканчивают она ВУЗ (врач), а он колледж (фармацевт). Как им быть?

Никак, исполнять условия целевого направления, или кому-то одному отказываться и выплачивать то, что должен по договору в случае отказа от работы по целевому направлению.