Вопрос: Может ли он доказать что этот счет писала я и что я действительно украла эту сумму?

Марина, с самого начала Вашей работы работодатель, не заключив трудовой договор, нарушил нормы трудового законодательства, таким образом, его можно привлечь к административной ответственности по ст.5.27 КоАП РФ, невыплата заработной платы в течении 2-х месяцев грозит уголовной ответственостью. Но необходимо быть на 100% уверенной, что свидетели (работники ресторана) подтвердят факт Вашей работы. Думаю, что мирно разрешить проблему не получится, поэтому надо готовиться к войне. Открывать ему свои "карты" заранее не следует, чтобы он не был в курсе Ваших дальнейших действий. Попробуйте для начала мирно поговорить с ним, объяснить, что и у него могут возникнуть проблемы, т.к.Вы не намерены так просто сдаваться, у Вас есть доказательства нарушений с его стороны. Если же не получится, то в прокуратуру с жалобой.

Относительно 900 руб - в худшем случае - Статья 7.27 КоАП РФ - Мелкое хищение

Мелкое хищение чужого имущества путем кражи, мошенничества, присвоения или растраты при отсутствии признаков преступлений, предусмотренных частями второй, третьей и четвертой статьи 158, частями второй и третьей статьи 159 и частями второй и третьей статьи 160 Уголовного кодекса Российской Федерации, -

(в ред. Федерального закона от 31.10.2002 N 133-ФЗ)

влечет наложение административного штрафа в размере до пятикратной стоимости похищенного имущества, но не менее одной тысячи рублей или административный арест на срок до пятнадцати суток.

Примечание. Хищение чужого имущества признается мелким, если стоимость похищенного имущества не превышает одну тысячу рублей.

Относительно списания недостачи по ревизии - неправомерно, т.к. работал ведь коллектив, оно обязан был заключить договор о полной коллективной мат.ответственности и спрашивать со всех.

Нарушений много с его стороны.