Или это просто: один мошенник предъявил, другой мошенник признал и вернул?

На сколько я понимаю, участник ООО, брал займ по поручению ООО и от его имени, т.е. заемщиком является ООО, а займодавцем истец. Следовательно иск предъявляется к заемщику - должнику, в данном случае к ООО, а участник ООО, бравший займ для ООО, должен выступить в качестве третьего лица, если он тем более единственный участник, значит он и принимает решения. По сути, истец подал иск с конкретным требованием, ответчик добровольно это требование выполнил, в результате чего истец от иска отказался, признавая то, что его требования ответчиком выполнены. Исковое производство у нас основано на состязательности сторон, т.е. один требует что-то и доказывает на основании чего требует, второй отрицает и доказывает на основании чего отрицает. Но если вторая сторона не отрицает, а признает и добровольно выполняет требования, в результате чего вторая сторона отказыывается от своих требований, потому что требовать то больше нечего, суду этого вполне достаточно.

Если Вы считаете, что конкретно данными действиями нарушены права участника ООО, то он вправе обратиться в суд с иском к лицу нарушевшему его права, с самостоятельным требованием.

К сожалению из Вашего вопроса мное не понятно, поэтому дать Вам исчерпывающий ответ я затрудняюсь.