Покупатель этот факт признает.

В данном случае, если согласно договора расчеты между сторонами произведены, есть смысл подать заявление в органы МВД о факте мошенничества.

В данной ситуации необходимо выяснить, где хранило агентство деньги - в офисе или в банке?

Как видно из контекста вопроса, договор купли-продажи квартиры уже заключен. Для ответа на Ваш вопрос необходимо выяснить:

1) зарегистрирован ли договор, 2) какая цена квартиры фигурирует в договоре, 3) какой порядок оплаты цены (до нотариата или после регистрациии) согласован в договоре. Если в договоре указана реальная цена и порядок оплаты (что маловероятно), то Вы имеете право потребовать расторжения неоплаченого договора. Если, согласно договору, "оплата произведена в полном объеме до подписания договора" -предстоит признавать сделку притворной (занижение сторонами цены) и также пытаться расторгать по неоплате. Преспективы - сомнительные. В Санкт-Петерурге имеется некоторая практика по искам о признании подобных сделок недействительными (как совершенных под влиянием обмана или заблуждения). Насколько мне известно, во всех таких исках было отказано. Кроме того, продавец врядли был связан отношениями с агентстовм по поводу поручения последнему получить денежные средства от покупателя. Иск к агентству, вероятно, не уместен и практически бесполезен.