Вопрос о несправедливом обязательстве уплатить НДС за другого Индивидуального предпринимателя - что делать?

Вам надо оспорить решение налоговой инспекции. Неплательщики НДС, каковыми являются упрощенцы, могут выставлять счета-фактуры, только в этом случае они должны заплатить НДС в бюджет. (ст.173 НК РФ).

Если у Вас есть счета-фактуры и они оформлены правильно (заполнены все обязательные реквизиты), Вы имеете право на налоговый вычет. (ст.171, 172 НК РФ)

Есть Постановление и Определения Конституционного Суда РФ с выводами о том, что счет-фактура, выставленный с выделением суммы налога лицом, не являющимся плательщиком НДС, а также налогоплательщиком, освобожденным от обязанностей плательщика НДС, будет служить покупателю основанием для принятия сумм НДС к вычету. Есть Письмо Минфина России, в котором разъясняется, что если поставщик, применяющий УСН, выставил покупателю счет-фактуру с выделенной суммой налога, то вычет НДС применяется в общеустановленном порядке. Есть акты судов кассационной инстанции и работы авторов, в которых отражена подобная позиция по рассматриваемому вопросу.

Вместе с тем согласно точке зрения Минфина России, сформулированной как до, так и после принятия указанного Постановления Конституционного Суда РФ, у налогоплательщика нет права на вычет НДС, который перечислен лицу, применяющему УСН. ФНС России и УФНС России по г. Москве придерживаются подобного подхода.