Недовольная работница частной клиники столкнулась с проблемами выплаты зарплаты и ситуацией по увольнению

Работала в частной клинике внешним совместителем. 21.10.2016 года уволилась по собственному желанию. Столкнулась с проблемой по выплате расчета и вынужденна была обратиться в ИТ за помощью. Из официального ответе ИТ: "В нарушение ч.3 ст. 136 ТК РФ внутренним приказом изменено место (способ) выплаты зароботной платы. Указанный приказ признан незаконным. Руководителю выдано предписание о необходимости произвести выплату зароботной платы с уплатой процентов в соответствии с требованиями ст 236 ТК РФ. Вместе с тем, в ходе проверки не установлено, что Вы обращались в адрес работодателя с заявлением об увольнении. По результатом проверки составлен протокол об административном нарушении. " По факту проверки деньги на карточку поступили, но получается, что я до сих пор не уволена и история имеет продолжение. Я получила заказное письмо от директора клиники с требованиями объяснить свое отсутствие на работе с 29.10.16. Скажите пожалуйста, что мне с этим всем делать. Стоит отвечать на письмо и что там указать? Что делать? P.S. После получения письма, созвонилась со старшей и спросила, как так получилось, что мое заявление об увольнении не дошло до администрации? На этот вопрос у нее ответа нет. С ее слов мое заявление было передано в отдел кадров (он же бухгалтерия).