Имеет ли право муниципальный фонд продавать нежилые метры цокольного этажа на аукционе и на основании какого документа?

В Санкт-Петербурге у "муниципалов" нет в собственности помещений. Вместе с тем, г. Санкт-Петербург, в лице Комитета Имущественных Отношений Правительства Санкт-Петербурга (КИО СПб), является собственником части жилых и нежилых помещений в многоквартирных домах и иных объектов недвижимого имущества.

Поэтому, ели указываемые вами помещения принадлежат Санкт-Петербургу, то КИО СПб, как представитель собственника таких помещений вправе распорядиться этими помещениями, в том числе, организовать их продажу через аукцион.