Отсутствие учета льгот для северян при проезде в отпуск - правомерно ли такое порядок?

Напишите жалобу в прокуратуру. Жалоба в прокуратуру пишется в свободной форме на имя прокурора. Вы можете также подать жалобу на официальном сайте прокуратуры вашего региона и ваша жалоба будет направлена прокурору из областной прокуратуры.

При каких делах коллективный договор?

Есть Трудовой кодекс в котором указано:

Статья 9. Регулирование трудовых отношений и иных непосредственно связанных с ними отношений в договорном порядке

В соответствии с трудовым законодательством регулирование трудовых отношений и иных непосредственно связанных с ними отношений может осуществляться путем заключения, изменения, дополнения работниками и работодателями коллективных договоров, соглашений, трудовых договоров.

Коллективные договоры, соглашения, трудовые договоры не могут содержать условий, ограничивающих права или снижающих уровень гарантий работников по сравнению с установленными трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права. Если такие условия включены в коллективный договор, соглашение или трудовой договор, то они не подлежат применению.

-

Просто вы не хотите обращаться в суд за защитой своих прав.

Или хотя бы с жалобой в Трудинспекцию - проезд Рыбачий 8.