Исковая давность при взыскании неустойки по алиментам - применяется ли 3-летний срок?

Нет, не применяется.

ч.2 ст.113 СК РФ В тех случаях, когда удержание алиментов на основании исполнительного листа или на основании нотариально удостоверенного соглашения об уплате алиментов не производилось по вине лица, обязанного уплачивать алименты, взыскание алиментов производится за весь период независимо от установленного пунктом 2 статьи 107 настоящего Кодекса трехлетнего срока.