Судебный спор с подрядчиком - как правильно рассчитать неустойку и выставить исковые требования

Проясните пожалуйста вопрос. Заключил договор Подряда на строительство дома, но Подрядчик после внесения мной аванса стал дополнительно требовать внесения ещё денежные средства за материалы, не приступая к работе, что договором не предусмотрено. Архитектурный проект дома мне прислал спустя 21 день после подписания договора подряда с огромным количеством строительных ошибок, разночтений, нарушением технологии и невыполненными моими замечаниями и требованиями. Проект мною не подписан, никаких актов по приёмке не подписывал кроме договора на разработку проекта, договора подряда и сметы. Я сначала предложил отложить проект, доработать и приступить осенью, но на мои предложения Подрядчик отказался откладывать проект и возвращать деньги. Я подал в суд. Поясните пожалуйста: Неустойка считается отдельно по договору на разработку проекта и на договор подряда или можно объединить, поскольку размер неустойки одинаковый? Вы можете мне помочь правильно рассчитать размер неустойки, поскольку на заседании судья сказал, что мы неправильно посчитали неустойку и предложил пересчитать, и если возможно из представленной информации полный размер всех возможных исковых требований: 1. Договор на разработку проекта от 25.10.16 г. – 15000 руб. 1.1 Договор оплачен по счёту через банк от 26.10.16 г. – 15300 руб. 2. Договор подряда на строительные работы от 01.11.16 г. – 1406441 руб. 3. Оплата аванс: приходный кассовый ордер от 02.11.16 г. – 300000 руб. 4. П.п.5.1 договора – «Подрядчик обязан приступить к выполнению работ не позднее 10 рабочих дней с момента получения аванса» Получается начало работ видимо надо считать - 12.11.16 г. 5. П.п. Подрядчик обязан закончить выполнение работ по указанным видам работ в п.1.1 настоящего договора (где оговорено – выполнить строительно-монтажные работы по адресу в объёмах согласно с условиями сметного расчёта по приложению №1-сметы) и сдать результат Застройщику до 10.02.17 г. Получается срок окончания работ по договору считается - 10.02.17 г. 6. П.п. 9.5 договора «В случае нарушения конечного срока выполнения работ Подрядчик уплачивает 0,1% за каждый день просрочки со дня следующего после дня истечения установленного договором срока исполнения обязательств, но не более 10% от суммы невыполненных работ. В случае если указанная просрочка составит более 30 дней, Застройщик вправе привлечь другие организации для выполнения работ за счёт Подрядчика». 7. Первое моё предложение остановить проект исправить и доработать документацию по телефону от: - 20.11.16 г. Второе моё предложение остановить проект исправить и доработать документацию по e-mail: от: - 02.12.16 г. Третье моё предложение остановить проект исправить и доработать документацию с возвратом денежных средств до 15.12.16 г. также по e-mail: от: - 06.12.16 г. 8. Договор на юридические услуги от 25.12.16 г. – 20000 руб. 9. Договор на юридические услуги от 27.12.16 г. – 30000 руб. 10. Претензия от 29.12.16 г. в адрес Подрядчика направлена - 29.12.16 г. (Подрядчик не стал получать претензию и почта возвратила претензию на мой адрес 15.02.17 г.) 11. Исковое заявление направлено в суд: - 11.01.17 г. 12. Первое заседание - 27.03.17 г. 13. Второе заседание - 17.04.17 г. 14. Третье заседание назначено на: - 18.05.17 г. За ранее благодарен Александр.