Как поступить, если работодатель отказывается применять статью ТК РФ, противоречащую приказу минтранса?

Вы можете обратиться лично к любому юристу и вам подготовим развёрнутую консультацию со ссылками на закон или составим документ, на платной основе, на основании "Гражданского кодекса Российской Федерации (часть вторая)" от 26.01.1996 N 14-ФЗ (ред. от 23.05.2016) ГК РФ Статья 779. Удачи Вам, и всего хорошего.

ТК РФ, Статья 392. Сроки обращения в суд за разрешением индивидуального трудового спора

Работник имеет право обратиться в суд за разрешением индивидуального трудового спора в течение трех месяцев со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права, а по спорам об увольнении - в течение одного месяца со дня вручения ему копии приказа об увольнении либо со дня выдачи трудовой книжки.

За разрешением индивидуального трудового спора о невыплате или неполной выплате заработной платы и других выплат, причитающихся работнику, он имеет право обратиться в суд в течение одного года со дня установленного срока выплаты указанных сумм, в том числе в случае невыплаты или неполной выплаты заработной платы и других выплат, причитающихся работнику при увольнении.

Работодатель имеет право обратиться в суд по спорам о возмещении работником ущерба, причиненного работодателю, в течение одного года со дня обнаружения причиненного ущерба.

При пропуске по уважительным причинам сроков, установленных частями первой, второй и третьей настоящей статьи, они могут быть восстановлены судом.

Доброго времени суток!

Вы можете обратиться с жалобой в трудовую инспекцию или прокуратуру для проведения проверки. Также Вы вправе обратиться в суд за защитой своих прав.

Удачи Вам и всех благ!