Нарушение начисления Северных выплат и стажа в Архангельской области - причины и возможные последствия

Моя жена проживает и работает в г.Котласе Архангельской области, который приравнен к району Крайнего Севера. С августа 2016 года, организация, расположенная в г.Ярославле, заключила договор с ОАО РЖД на оказание определенных услуг. Моя жена (работник) эти услуги выполняет уже 10 лет. Так вот эта организация Северные % не начисляет (по расчетному листу о зарплате этих выплат не прописано). Мало того, в пенсионном фонде сказали, что и стаж Северный с указанного выше времени (2016 г) не начисляется, хотя прежние организации, выигрывавшие конкурсы в прошлом, Северные начисляли и стаж шел. В пенсионном фонде сказали, что Северные начисления могут не начисляться из-за не полного рабочего дня. Разве такое возможно? Почему могут не начисляться Северные?