Можем ли мы его обжаловать в суде сейчас, если прошло уже несколько лет со дня прохождения медкомиссии?

Согласно ч. 7 ст. 28 ФЗ "О воинской обязанности и военной службе"

Решение призывной комиссии может быть обжаловано гражданином в установленный законодательством Российской Федерации срок со дня получения гражданином копии указанного решения в призывную комиссию соответствующего субъекта Российской Федерации или в суд. Жалоба гражданина должна быть рассмотрена в пятидневный срок со дня ее поступления в призывную комиссию соответствующего субъекта Российской Федерации. В этом случае выполнение решения призывной комиссии приостанавливается до вынесения решения призывной комиссией соответствующего субъекта Российской Федерации или вступления в законную силу решения суда.

В статье 5 Закона РФ от 27.04.1993 N 4866-1 «Об обжаловании в суд действий и решений, нарушающих права и свободы граждан», для обращения в суд с жалобой

устанавливаются следующие сроки:

три месяца со дня, когда гражданину стало известно о нарушении его права;

один месяц со дня получения гражданином письменного уведомления об отказе вышестоящего органа, объединения, должностного лица в удовлетворении жалобы или со дня истечения месячного срока после подачи жалобы, если гражданином не был получен на нее письменный ответ.