Военнослужащему отказали в выплатах за поднаем жилья без рапорта - правомерно ли это и что делать?

Подавайте рапорт. Суд в данном случае не поможет.

2. В случае невозможности обеспечения жилыми помещениями в соответствии с законодательством Российской Федерации по желанию военнослужащих и членов семей военнослужащих, погибших (умерших) в период прохождения военной службы, им ежемесячно выплачивается денежная компенсация за счет средств, выделяемых из федерального бюджета на эти цели Министерству обороны Российской Федерации или иному федеральному органу исполнительной власти (федеральному государственному органу), в котором законом предусмотрена военная служба, в размере, предусмотренном договором найма (поднайма) жилья, заключенным в письменной форме, но не более установленных размеров.

Денежная компенсация выплачивается со дня заключения договора найма (поднайма) жилого помещения, но не ранее дня включения федеральным органом исполнительной власти (федеральным государственным органом), в котором федеральным законом предусмотрена военная служба, военнослужащих в списки на предоставление жилых помещений специализированного жилищного фонда.

Выплата денежной компенсации прекращается с 1-го числа месяца, следующего за месяцем, в котором военнослужащий утратил основания для получения денежной компенсации, предусмотренные Федеральным законом "О статусе военнослужащих".

Подайте рапорт вам по нему выплатят компенсацию за прошедшее время, но не ранее включения в списки очередников на получение служебного жилья.