Нужно ли составить протокол личного досмотра при сборе материала по ст. 20.21 КОАП РФ и направлении на медицинское освидетельствование сотрудником ППС?

Здравствуйте, в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации это вы можете на него жалобу начальству подать, а касательно вашего дела это не играет роли.

Ограничение ваших прав в случае задержания никак не связано с вашим личным досмотром, Поэтому если нет оснований полагать, что у вас есть при себе запрещенные предметы, то сотрудник полиции имеет право не проводить досмотр. Ещё раз повторяю что это право, а не обязанность сотрудника полиции.

В обязательном порядке личный обыск проводится только в случае задержания по подозрению в совершении преступлений, в вашем же случае речь идёт об административном правонарушении.