Как определить ответственность за затопленный магазин и предотвратить подобные ситуации в будущем?

В целом ответить развёрнуто на такой вопрос одним ответом невозможно, так как для этого необходимо владеть полной картиной обстоятельств, которые в один ваш вопрос и не уместяца. Главное, что для определения виновника или виновников причинения ущерба необходимо конечно прибегнуть к услугам эксперта (не из обслуживающей организации, а независимого эксперта).

В целом для ориентира нужно иметь ввиду следующее: Есть такой документ - "Правила содержания общего имущества в многоквартирном доме" (утверждены постановлением Правительства РФ от 13 августа 2006 г. N491). Пунктом пятым этих правил установлено, что стояки относятся в общему имуществу жилого дома, которое находится в ведении обслуживающей организации. Однако вы допустили вмешательство в это имущество и конечно ЖЭУ на этом основании будет считать виновником вас. Однако грамотный адвокат (а вам в даном случае без него никак)учтёт и прочие обмтоятельства. Например - согласно Правил и норм технической эксплуатации жилищного фонда (утв. постановлением Госстроя РФ №170 от 27.09.03г.) обслуживающая организация должна производить плановые и внеплановые осмотры общего имущества (в том числе и стояков), при необходимости производить их ремонт. Невыполнение таких обязанностей в ряде случаев может привести к солидарному возмещению вреда (вместе с ЖЭУ).

Есть ещё очень много нюансов. Обращайтесь к адвокату.