Можно ли принять врача-стажера с высшим медицинским образованием, прошедшего аккредитацию и продолжающего обучение в ординатуре?

Да, можете принять на должность врача.

Федеральный закон от 21.11.2011 N 323-ФЗ (ред. от 29.07.2017) "Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации"

Статья 69. Право на осуществление медицинской деятельности и фармацевтической деятельности

1. Право на осуществление медицинской деятельности в Российской Федерации имеют лица, получившие медицинское или иное образование в Российской Федерации в соответствии с федеральными государственными образовательными стандартами и имеющие свидетельство об аккредитации специалиста.

Переход к процедуре аккредитации специалистов осуществляется поэтапно с 1 января 2016 года по 31 декабря 2025 года включительно. Сроки и этапы указанного перехода, а также категории лиц, имеющих медицинское, фармацевтическое или иное образование и подлежащих аккредитации специалистов, определяются уполномоченным федеральным органом исполнительной власти (ст.100 Закона).

Приказ Минздрава России от 02.06.2016 N 334 н (ред. от 19.05.2017) "Об утверждении Положения об аккредитации специалистов", Приказ Минздрава России от 25.02.2016 N 127 н "Об утверждении сроков и этапов аккредитации специалистов, а также категорий лиц, имеющих медицинское, фармацевтическое или иное образование и подлежащих аккредитации специалистов".

Сертификат институт не выдает, молодой специалист получил выписку из протокола о том, что прошел аккредитацию, так как бланки Свидетельств об аккредитации находятся еще на стадии изготовления.