Могу забрать документы из ординатуры, если являюсь целевиком? По своей инициативе.

Отчисление является основанием прекращения договора.

Постановление Правительства РФ от 27.11.2013 N 1076 «О порядке заключения и расторжения договора о целевом приеме и договора о целевом обучении» (вместе с «Правилами заключения и расторжения договора о целевом приеме и договора о целевом обучении») IV. Срок действия договора, основания его досрочного прекращения 9. Основаниями для досрочного прекращения настоящего договора являются: в) отчисление гражданина из организации, осуществляющей образовательную деятельность, до окончания срока освоения образовательной программы;

В одностороннем порядке Вы можете расторгнуть, но деньги возвращать за обучение придется. Либо в судебном порядке взыщут.