Правомерность требования возмещения затрат обучения и возврат трудового контракта при увольнении

Очень прошу Вас о помощи! В одной маленькой организации я работаю с ноября, устраивалась на должность Специалист по закупкам. Так как опыта работы в данной сфере не имела, был заключен ученический договор на три месяца. Важно отметить, что из этих трех месяцев я, по устной просьбе руководства, в течение двух с половиной месяцев выполняла обязанности секретаря (пока искали нового секретаря, меня попросили заменить ее, так как у меня был опыт работы секретарем). Примерно 80% рабочего времени я занималась секретарскими обязанностями, а оставшиеся 20% мне давали задания, которые относились к моему непосредственному обучению новой специальности. Сейчас по ряду причин я написала заявление на увольнение по собственному желанию. Ссылаясь на ученический договор, руководство требует, чтобы я выплатила им большую сумму денег. Вот что написано в ученическом: Сотрудник полностью возмещает Обществу его затраты на обучение в следующих случаях: 1) в размере трех среднемесячных заработных плат, включая выплаченную стипендию, если по окончанию ученичества без уважительных причин не выполняет свои обязательства по Ученическому договору, в том числе расторгает Трудовой контракт в течение первого года работы. Скажите, пожалуйста, правомерно ли это? Имеет ли какое-то значение то, что до сих пор, по словам руководства, они не научили меня этой специальности, и я всего лишь ассистент специалиста по закупкам (цитата), а не специалист (т.е. получается, что я так и не обучена этой специальности), и то, что из трех месяцев, которые оговорены в ученическом договоре как продолжительность обучения, я два с половиной фактически заменяла секретаря (свидетелями являются мои коллеги)? И еще: в трудовом договоре указано, что при увольнении я обязана вернуть свой экземпляр трудового контракта работодателю. Законно ли это? Ведь в случае каких-то разбирательств у меня на руках не будет моего трудового контракта. Очень Вас прошу - помогите мне, пожалуйста!