Что делать, если бывшая начальница угрожает подать в полицию заявление о сексуальном домогательстве

С учетом того, что после домогательств прошло два года, а также уголовной ответственности за домогательства не существует, можете не обращать на неё внимания;

тем не менее учтите некоторые вопросы квалификации ст. 133 УК РФ

15. В отличие от изнасилования и насильственных действий сексуального характера при понуждении к действиям сексуального характера (статья 133 УК РФ) способами воздействия на потерпевшее лицо с целью получения от него вынужденного согласия на совершение указанных действий являются шантаж, угроза уничтожением, повреждением или изъятием имущества либо использование материальной или иной зависимости потерпевшего лица.

Понуждение к действиям сексуального характера считается оконченным с момента выражения в любой форме соответствующего требования независимо от наличия согласия или отказа потерпевшего лица совершить такие действия либо их реального осуществления.

Не могут рассматриваться как понуждение к действиям сексуального характера или как иные преступления против половой неприкосновенности и половой свободы личности действия лица, добившегося согласия потерпевшей на вступление в половое сношение или совершение действий сексуального характера путем обмана или злоупотребления доверием (например, заведомо ложного обещания вступить в брак и т.п.).

Думаю, что это шантаж со стороны руководства

вряд ли подаст она такое заявление в полицию. Слишком много времени прошло.. кроме того, укажите, что это используется с целью отзыва вашего заявления (лучше записать ее требования на телефон)