Ограничение выезда за пределы РФ после увольнения - законность хранения загранпаспорта и возможность оспорить срок невыезда

Согласно ст. 24, Закон РФ от 21.07.1993 N 5485-1 (ред. от 08.03.2015) "О государственной тайне" «Ограничения прав должностного лица или гражданина, допущенных или ранее допускавшихся к государственной тайне»

Должностное лицо или гражданин, допущенные или ранее допускавшиеся к государственной тайне, могут быть временно ограничены в своих правах. Ограничения могут касаться:

права выезда за границу на срок, оговоренный в трудовом договоре (контракте) при оформлении допуска гражданина к государственной тайне;

Приказ МВД России от 10.06.2013 N 378 (ред. от 18.04.2014) "Об утверждении Порядка получения документов, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации, по которым военнослужащие внутренних войск МВД России осуществляют выезд из Российской Федерации, а также Порядка сдачи и последующего хранения документов, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации, выдаваемых военнослужащим, осведомленным в сведениях, составляющих государственную тайну"

6. При увольнении военнослужащего паспорт выдается на основании заключения об осведомленности и принятого решения под роспись в журнале учета паспортов.

7. В случае принятия решения о временном ограничении права военнослужащего на выезд из Российской Федерации паспорт направляется в государственный орган, выдавший его, и хранится там до окончания срока действия паспорта или срока ограничения на выезд из Российской Федерации.

8. Подразделения, указанные в пункте 17 настоящего Порядка, информируют военнослужащего и орган безопасности о месте хранения паспорта.

Отсюда вывод: все верно сделал работодатель и законно. Вы не писали, где работали, но в других ведомствах решается аналогично.