Проблема с предоставлением льгот на компенсацию расходов проезда в отпуск - как защитить наши права?

Наше учреждение находится в Районах Крайнего Севера. Имеем муниципальную форму. В нашем учреждении прошла проверка Управления финансов Нерюнгринского района за 2015-2016 года главным контролером – ревизором. При проверке были выявлены ошибки предоставления льготы трем работникам для компенсации расходов проезда к месту отдыха и обратно. На примере одного из сотрудников. В 2015 году работник, который работает в нашем учреждении на протяжении длительного периода времени пошел в отпуск за период работы 28.01.2014-27.01.2015 года с 01.08.2015 года по 05.10.2015 года. В приказе о предоставлении льготы на компенсацию расходов проезда в отпуск и обратно была допущена ошибка в периодах, что льгота предоставлена за период работы 28.01.2013-27.01.2015 года, что противоречит ст.325 ТК РФ. и Постановлению Нерюнгринской районной администрации (Право на компенсацию указанных расходов за первый и второй годы работы возникает у работника одновременно с правом на получение ежегодного оплачиваемого отпуска за первый год работы в данной организации в дальнейшем право возникает, начиная с третьего работы, с пятого года работы и т.д.) Т.е на момент предоставления работнику отпуска 01.08.2015 начался новый период для льготы 28.01.2015-27.01.2017 года. Работник работает и по сегодняшний день и с 2015 года больше не пользовался данной льготой. Мной после проверки был издан приказ о внесении изменений в прошлый приказ в части корректировки периодов для предоставления льготы на 28.01.2015-27.01.2017 года. В предписании Управления финансов дано указание удержать с работников необоснованно выданные средства для компенсации расходов на оплату проезда в отпуск. Работники отказываются возвращать данные суммы т.к. по факту они заработали себе льготы, а вина кадрового работника в допущении ошибки. Вопрос: как нам отстоять грамотно свою правоту т.к все наши доводы Управления финансов не воспринимают.