Как быть, если частный дом используется для коммерческой деятельности, несмотря на законодательный протокол?

Увы, ст. 17 Жилищного кодекса РФ регламентирует занятие предпринимательством только в многоквартирном доме, а у вас отношения регламентируются земельным кодексом, которым указано на необходимость целевого использование земельного участка

Статья 8.8 КоАП РФ. Использование земельных участков не по целевому назначению, невыполнение обязанностей по приведению земель в состояние, пригодное для использования по целевому назначению (действующая редакция)

[Кодекс РФ об административных правонарушениях] [Глава 8] [Статья 8.8]

1. Использование земельного участка не по целевому назначению в соответствии с его принадлежностью к той или иной категории земель и (или) разрешенным использованием, за исключением случаев, предусмотренных частями 2, 2.1 и 3 настоящей статьи, -

влечет наложение административного штрафа в случае, если определена кадастровая стоимость земельного участка, на граждан в размере от 0,5 до 1 процента кадастровой стоимости земельного участка, но не менее десяти тысяч рублей; на должностных лиц - от 1 до 1,5 процента кадастровой стоимости земельного участка, но не менее двадцати тысяч рублей; на юридических лиц - от 1,5 до 2 процентов кадастровой стоимости земельного участка, но не менее ста тысяч рублей, а в случае, если не определена кадастровая стоимость земельного участка, на граждан в размере от десяти тысяч до двадцати тысяч рублей; на должностных лиц - от двадцати тысяч до пятидесяти тысяч рублей; на юридических лиц - от ста тысяч до двухсот тысяч рублей.