Как налог на прибыль от продажи нежилого помещения, использовавшегося для предпринимательской деятельности, вычислить, если оно было куплено физическим лицом более трех лет назад?

Закон не предусматривает разделение имущества гражданина как индивидуального предпринимателя и как физического лица.

Согласно ст. 24 ГК РФ гражданин отвечает по своим обязательствам всем принадлежащим ему имуществом, за исключением имущества, на которое в соответствии с законом не может быть обращено взыскание. Следовательно, приобрести в собственность недвижимое имущество физическое лицо может исключительно в статусе физического лица, но не индивидуального предпринимателя. Право собственности на что‑либо никак не зависит от приобретения или прекращения статуса индивидуального предпринимателя. Это одно из главных отличий двух форм осуществления предпринимательской деятельности – юридического лица и индивидуального предпринимателя.

Как указывается в п. 3 ст. 49 ГК РФ, правоспособность юридического лица возникает в момент его создания и прекращается в момент внесения записи о его исключении из ЕГРЮЛ. То есть после своего создания юридическое лицо вправе приобрести какое‑либо имущество. Что касается прекращения деятельности юридического лица, это может проходить путем либо реорганизации, либо ликвидации. Для обоих случаев закон предусматривает специальную процедуру, в ходе которой должны решаться вопросы о дальнейшей судьбе имущества юридического лица. Для индивидуальных предпринимателей процедура ликвидации отсутствует. Гражданин подает необходимые документы в регистрирующий орган, и таким образом прекращается его статус индивидуального предпринимателя. И это никак не влияет на его правоотношения собственности.

При УСНО порядок налогообложения доходов, которые получены от реализации объектов недвижимости, осуществляется в соответствии с п. 1 ст. 346.15 НК РФ: учитываются доходы, указанные в ст. 249 и 250 НК РФ. Согласно ст. 249 НК РФ доходом от реализации признаются выручка от реализации товаров (работ, услуг) как собственного производства, так и ранее приобретенных, и выручка от реализации имущественных прав. Выручка от реализации определяется исходя из всех поступлений, связанных с расчетами за реализованные товары (работы, услуги) или имущественные права, выраженные в денежной и (или) натуральной форме.

Если помещение использовалось налогоплательщиком для осуществления предпринимательской деятельности, его продажа также относится к продаже имущества в связи с осуществлением предпринимательской деятельности.

В этом случае имущественный налоговый вычет, предусмотренный пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ, не предоставляется.

Аналогичен подход контролирующих органов и к применению вычета, установленного п. 17.1 ст. 217 НК РФ: если физическое лицо использовало помещение в целях осуществления предпринимательской деятельности и доходы учитывались в рамках УСНО, к доходу, полученному от реализации указанного нежилого помещения, положения п. 17.1 ст. 217 НК РФ не применяются.

Применение УСНО к доходам, полученным от осуществления предпринимательской деятельности, освобождает налогоплательщика от обязанности по уплате НДФЛ по отношению к этим же доходам.

Исходя из вышесказанного да, Вам придется оплатить налог в размере 6 % с дохода полученного от продажи, а соответственно 2 500 000 - 3 000 000 = 500 000, с этой суммы Вы и будете платить налог.