Есть ли управа на руководителя, который переделывает приказы, либо их уничтожает в пользу себя (в ходе следствия)

Да, можно руководителя привлечь к уголовной ответственности

"Уголовный кодекс Российской Федерации" от 13.06.1996 N 63-ФЗ (ред. от 19.02.2018)

Статья 327. Подделка, изготовление или сбыт поддельных документов, государственных наград, штампов, печатей, бланков

1. Подделка удостоверения или иного официального документа, предоставляющего права или освобождающего от обязанностей, в целях его использования либо сбыт такого документа, а равно изготовление в тех же целях или сбыт поддельных государственных наград Российской Федерации, РСФСР, СССР, штампов, печатей, бланков -

наказываются ограничением свободы на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо арестом на срок до шести месяцев, либо лишением свободы на срок до двух лет.

2. Те же деяния, совершенные с целью скрыть другое преступление или облегчить его совершение, -

наказываются принудительными работами на срок до четырех лет либо лишением свободы на тот же срок.

3. Использование заведомо подложного документа -

наказывается штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев, либо обязательными работами на срок до четырехсот восьмидесяти часов, либо исправительными работами на срок до двух лет, либо арестом на срок до шести месяцев.