Отказ в выдаче справки на льготный проезд из-за перепроверки справок о ЗП - правомерно ли это?

Зависит от конкретных обстоятельств. Сам по себе - закон такую отсрочку принятия решения о назначении пенсии допускает.

Федеральный закон от 28.12.2013 N 400-ФЗ (ред. от 07.03.2018) "О страховых пенсиях"

Статья 22. Сроки назначения страховой пенсии

1. Страховая пенсия назначается со дня обращения за указанной пенсией, за исключением случаев, предусмотренных частями 5 и 6 настоящей статьи, но во всех случаях не ранее чем со дня возникновения права на указанную пенсию.

2. Днем обращения за страховой пенсией считается день приема органом, осуществляющим пенсионное обеспечение, соответствующего заявления со всеми необходимыми документами, подлежащими представлению заявителем с учетом положений части 7 статьи 21 настоящего Федерального закона. Если указанное заявление пересылается по почте либо представляется в форме электронного документа, порядок оформления которого определяется Правительством Российской Федерации, либо подается через многофункциональный центр предоставления государственных и муниципальных услуг и при этом к нему прилагаются все необходимые документы, подлежащие представлению заявителем, днем обращения за страховой пенсией считается дата, указанная на почтовом штемпеле организации федеральной почтовой связи по месту отправления данного заявления, либо дата подачи заявления с использованием информационно-телекоммуникационных сетей общего пользования, в том числе информационно-телекоммуникационной сети "Интернет", включая Единый портал государственных и муниципальных услуг, либо дата приема заявления многофункциональным центром предоставления государственных и муниципальных услуг.

3. В случае, если к заявлению о назначении страховой пенсии приложены не все необходимые документы, подлежащие представлению заявителем с учетом положений части 7 статьи 21 настоящего Федерального закона, орган, осуществляющий пенсионное обеспечение, дает лицу, обратившемуся за страховой пенсией, разъяснение, какие документы он должен представить дополнительно. Если такие документы будут представлены не позднее чем через три месяца со дня получения соответствующего разъяснения, днем обращения за страховой пенсией считается день приема заявления о назначении страховой пенсии, или дата, указанная на почтовом штемпеле организации федеральной почтовой связи по месту отправления данного заявления, или дата подачи заявления с использованием информационно-телекоммуникационных сетей общего пользования, в том числе информационно-телекоммуникационной сети "Интернет", включая Единый портал государственных и муниципальных услуг, или дата приема заявления многофункциональным центром предоставления государственных и муниципальных услуг.