Вопрос о присвоении классного чина работнику секретариата суда, который временно заменяет основного сотрудника в декрете без высшего юридического образования

Конечно могут. Ваша работа по служебному контракту на определенный срок (на период отсутствия основного работника) не является каким-либо препятствием либо ограничением в правах служащего. Если подошел срок и сдадите квалификационный экзамен, то присвоят классный чин.

Приказ Судебного департамента при Верховном Суде РФ от 01.11.2013 N 211 (ред. от 01.09.2015) "Об утверждении Инструкции об организации работы по присвоению классных чинов юстиции и классных чинов государственной гражданской службы Российской Федерации в аппаратах федеральных судов общей юрисдикции, федеральных арбитражных судов и системе Судебного департамента при Верховном Суде Российской Федерации"

3.1. Гражданским служащим аппаратов судов и системы Судебного департамента, замещающим должности гражданской службы на определенный срок полномочий (за исключением гражданских служащих аппаратов судов и системы Судебного департамента, замещающих должности гражданской службы категории "руководители", относящиеся к высшей группе должностей гражданской службы), классные чины присваиваются по результатам квалификационного экзамена в соответствии с указами Президента Российской Федерации от 1 февраля 2005 г. N 113, от 19 ноября 2007 г. N 1554, а также Указом Президента Российской Федерации от 1 февраля 2005 г. N 111.

Успехов Вам!