Об оплате проезда к месту проведения ежегодного отпуска

Я работаю в Мурманском филиале федерального государственного бюджетного учреждения (головная организация находится в г. Москве). Перед выходом в отпуск мне выдали аванс на оплату проезда к месту проведения отпуска. Маршрут Москва-Кутаиси и обратно, перелет ОАО Авиакомпания "Уральские авиалинии". В бухгалтерии мне сказали, что поскольку представительства этой авиакомпании в нашем городе нет, то для расчета суммы возмещения дорожных расходов по территории РФ они будут использовать ортодромические расстояния, из которых следует, что к возмещению положено около 98% от стоимости перелета. Опираясь на эту информацию, рассчитали сумму аванса, который мне перечислили, по возвращению им оставалось доплатить мне еще около 500 р. Когда же я,вернувшись из отпуска, предоставила все необходимые документы для отчетности (рейс не чартерный, заказывали билеты по интернету, в маршрутной квитанции указана стоимость перелета), мне в той же бухгалтерии сказали, что поскольку наша организация относится к ФГБУ, они не имеют права использовать для расчета эти самые ортодромические расстояния и необходима справка от перевозчика о стоимости перелета. Справка стоит 1500 р., ждать 20-30 дней и в результате по справке еще может оказаться, что аванс был больше и я должна вернуть им деньги. Подскажите, пожалуйста, действительно ли в данной ситуации нельзя воспользоваться ортодромией, как мне было сказано первоначально, и обязательно заказывать справку у перевозчика? Должна ли я возвращать деньги, если меня неправильно проинформировали? Могут ли мне возместить расходы за заказ справки? Спасибо!