Как рассчитать пени по договору с учетом особых условий истца - суммы оплаты, даты заключения и согласия ответчика?

Помощь с расчетом пени по договору. Добрый день. 2 юр.лица, работающие друг с другом на протяжении 10 лет. Каждый год истец - ООО "А.." заключает договор поставки, в соответствии с которым покупатель (ответчик) должен оплатить за товары пени в размере 0,05 % по прошествии 10 дней после отгрузки. Планируем взыскать сформировавшуюся задолженность за 2017-2018 годы вместе с пени. Как рассчитать пени, если: 1) ответчик оплачивал суммы несоразмерные суммам покупки и долга. Где начнется неустойка? В платежных поручениях не всегда указывается счет фактуры или долг. См.прикрепленный файл. С каким калькулятором вы бы посоветовали работать? 2) если все же не будем заниматься просчетами, а взыщем пени только за 2018 год, то с какого периода начнется отсчет? Договор датирован 09.01.2018, отправлен ответчику для подписания только в апреле 2018 и подписан ответчиком 05.04.2018. Но в то же время за предыдущие годы договора есть и ответчик с 10.01.2018 уже частично гасит долг и покупает за наличку, т.е. это означает согласие с условиями договора? 3) В арбитражном суде надо ли прикладывать все счета фактуры и тов. накладные или достаточно подписанного акта сверки за 2017 и 2018 годы? Надо ли заверять счета, копия верна? 4) можно ли отправить документы в арбитражный суд по почте с уведомлением? Надо ли опись делать? 5) можно ли впоследствии сделать индексацию присужденных судом денежных сумм? Спасибо.