как можно вывести из состава учредителей 3-их учредителей с долей в 3%,основной учредитель владеет долей в 97% ?

В соответствии со ст.10 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ "Об обществах с ограниченной ответственностью"

участники общества, доли которых в совокупности составляют не менее чем десять процентов уставного капитала общества, вправе требовать в судебном порядке исключения из общества участника, который грубо нарушает свои обязанности либо своими действиями (бездействием) делает невозможной деятельность общества или существенно ее затрудняет.

К таким нарушениям, может относиться систематическое уклонение без уважительных причин от участия в общем собрании участников общества, лишающее общество возможности принимать значимые хозяйственные решения по вопросам повестки дня общего собрания участников, если непринятие таких решений причиняет существенный вред обществу и (или) делает его деятельность невозможной либо существенно ее затрудняет; совершение участником действий, противоречащих интересам общества, в том числе при выполнении функций единоличного исполнительного органа (например, причинение значительного ущерба имуществу общества, недобросовестное совершение сделки в ущерб интересам общества, экономически необоснованное увольнение всех работников, осуществление конкурирующей деятельности, голосование за одобрение заведомо убыточной сделки), если эти действия причинили обществу существенный вред и (или) сделали невозможной деятельность общества либо существенно ее затруднили.

При рассмотрении дел об исключении участника из ООО суд дает оценку степени нарушения участником своих обязанностей, а также устанавливает факт совершения участником конкретных действий или уклонения от их совершения и наступления (возможности наступления) негативных для общества последствий.

Вам надлежит обратиться в суд с исковым заявлением об исключении участников из ООО, позаботившись о доказательственной базе.