Как защититься от непоняток с изменением реквизитов при ДДУ?

Смотреть порядок оплаты и изменения договора, который указан у Вас в договоре. Если то что они предлгают должно быть сделано письменно - пусть делают письменно (ст. 450, 452 ГК РФ)

Если при этом, не предложат письменно внести изменения - платите по имеющимся реквизитам.

Платите по старым счетам. Это их проблемы. Об изменении реквизитов вас должны были уведомить письменно заказным письмом - это если по закону.

Если по человечески и во избежание дальнейших споров и конфликтов лучше добиться, что бы вам дали новые реквизиты для оплаты-но только за их подписью, что они изменились со старых на новые.

Исходя из практики договорных отношений, то в первую очередь будет иметь значение то, что прямо указано в договоре. И если в договоре прямо указано, что Застройщик обязан уведомить о изменение реквизитов, то пока он Вас письменно не уведомил, то платить на другой счёт не надо. Если бы там была ссылка, что так же возможно информировать другим общественно доступным способом, то тогда можно было бы принимать информацию указанную на сайте, а по другому никак.

С учётом того, что у банка отозвали лицензию (общеизвестная информация и доказыванию не подлежит) и отделения банка закрыты вы никак не можете внести денежные средства на счёт «Застройщика». Уведомив застройщика о том, что вы сами заинтересованы узнать новые реквизиты чтобы платить, вы на 100% сняли с себя вину в случае если застройщик попытается взыскать с вас пени и суд на 100% откажет застройщику в его требованиях. Так что в этом плане вы ничего не нарушаете и поступили правильно.

По поводу того, должна ли стоять печать застройщика, на доп. соглашение, то с учётом того, что на оклейке прямо указано, что данный документ прошит, пронумерован, и скреплен печатью (если бы этой фразы не было, то тогда ни каких вопросов), а самого оттиска печати не имеется, то в случае судебных разбирательств могут быть проблемы «Застройщик» может ссылаться на недействительность документа, но шансы что суд будет на стороне застройщика ничтожны. В данном вопросе важнейшим значением будет иметь, тот факт, что данный договор зарегистрирован в Россреестре. А значит его официально государство приняло в учёт. Поэтом просто направьте в адрес застройщика Письмо с требованием разъяснить, по какой причине они не поставили оттиск печати при прошивке документа, может ответа и не будет, но главное сохранить копию письма подтверждающий факт направления.